Σύμφωνα με το θεσμικό πλαίσιο για τη ανώτατη παιδεία (Ν.1268/82 και Ν.2083/92), όργανα που ασκούν τη διοίκηση του Πανεπιστημίου είναι :
η Σύγκλητος, το Πρυτανικό Συμβούλιο και ο Πρύτανης.

Η Σύγκλητος είναι το ανώτατο όργανο που διοικεί το Πανεπιστήμιο. Στα πλαίσια της αυτοτέλειας των Α.Ε.Ι., στην αρμοδιότητα της Συγκλήτου εμπίπτουν θέματα ακαδημαϊκά, Διοικητικά και οικονομικά. Η Σύγκλητος αποτελείται από τον Πρύτανη, τους Αντιπρυτάνεις, τους Προέδρους των Τμημάτων, έναν εκπρόσωπο των φοιτητών από κάθε Τμήμα, δύο εκπροσώπους των μεταπτυχιακών φοιτητών, έναν εκπρόσωπο βοηθών- επιμελητών- επιστημονικών συνεργατών, έναν εκπρόσωπο του Ειδικού Εκπαιδευτικού Διδακτικού Προσωπικού (Ε.Ε.ΔΙ.Π.), έναν εκπρόσωπο του Ειδικού Τεχνικού Εργαστηριακού Προσωπικού (Ε.Τ.Ε.Π.) και ένα εκπρόσωπο του Διοικητικού Προσωπικού. Στη Σύγκλητο συμμετέχουν επίσης και εκπρόσωποι των αναπληρωτών καθηγητών, επικούρων καθηγητών και λεκτόρων σε αριθμό ίσο προς το ένα τρίτο (1/3) των Τμημάτων του Α.Ε.Ι., ο οποίος δεν μπορεί να είναι μικρότερος του έξι (6), ούτε όμως μεγαλύτερος από τον αριθμό των Τμημάτων του Α.Ε.Ι. Οι αναπληρωτές καθηγητές, οι επίκουροι καθηγητές και οι λέκτορες ορίζονται από τη γενική συνέλευση των Τμημάτων, της οποίας πρέπει να είναι μέλη, εκ περιτροπής κατ΄έτος, με σειρά την οποία καθορίζει ο Πρύτανης ανά Τμήμα και βαθμίδα. Ακόμη, στις συνεδριάσεις της Συγκλήτου παρίσταται ο Προϊστάμενος Γραμματείας του Α.Ε.Ι., καθώς καν οι Πρόεδροι και οι εκπρόσωποι των φοιτητών των μη αυτοδύναμων Τμημάτων, χωρίς δικαίωμα ψήφου.

Ο Πρύτανης έχει τις ακόλουθες βασικές αρμοδιότητες:

1. Διευθύνει το Α.Ε.Ι. και εποπτεύει για την εύρυθμη λειτουργία των υπηρεσιών.
2. Συγκαλεί τη Σύγκλητο και το Πρυτανικό Συμβούλιο.
3. Εκδίδει τις πράξεις διορισμού του προσωπικού του Α.Ε.Ι.

Ο Πρύτανης, κατά την άσκηση των καθηκόντων του, επικουρείται από δύο Αντιπρυτάνεις, τον Αντιπρύτανη Οικονομικού Προγραμματισμού και Ανάπτυξης και τον Αντιπρύτανη Ακαδημαϊκών Υποθέσεων και Προσωπικού, οι οποίοι ασκούν τις αρμοδιότητες που αναθέτει σε καθέναν από αυτούς το Πρυτανικό Συμβούλιο.

Το τρέχον σχήμα της πρυτανίας έχει ως εξής:

• Πρύτανης: 
  Καθηγητής Γιάννης Χατζηδημητρίου
• Αντιπρύτανης Ακαδημαϊκών Υποθέσεων και Προσωπικού: 
  Καθηγητής Χρήστος Κωνσταντάτος,
• Αντιπρύτανης Οικονομικού Προγραμματισμού και Ανάπτυξης: 
  Αναπληρωτής Καθηγητής Αχιλλέας Ζαπράνης
• Αντιπρύτανης Στρατηγικού Σχεδιασμού και Επενδύσεων: 
  Καθηγητής Χάρρυ Παπαπανάγος

Όργανα του Τμήματος
Τα όργανα του Τμήματος είναι η Γενική Συνέλευση και ο Πρόεδρος.
Η Γενική Συνέλευση του Τμήματος απαρτίζεται από το σύνολο των μελών ΔΕΠ του Τμήματος, εκπροσώπους των φοιτητών, ίσους προς το 50% του αριθμού των μελών ΔΕΠ και εκπροσώπους των βοηθών, επιμελητών, επιστημονικών συνεργατών και ΕΤΕΠ, ίσους προς το 15% του αριθμού των μελών ΔΕΠ. Στις αρμοδιότητες της Γ.Σ. μεταξύ άλλων εμπίπτουν θέματα όπως:

1. Γενική εποπτεία της λειτουργίας του Τμήματος και της τήρησης των νόμων και του εσωτερικού κανονισμού.
2. Καθορισμός της γενικής εκπαιδευτικής και ερευνητικής πολιτικής του Τμήματος, προγραμματισμός και στρατηγική της πορείας και της ανάπτυξής του και τακτικός απολογισμός των σχετικών δραστηριοτήτων του στο πλαίσιο των γενικότερων αποφάσεων της Συγκλήτου.
3. Προγραμματισμός και προκήρυξη θέσεων μελών Δ.Ε.Π. καθώς και συγκρότηση των απαραίτητων για την κρίση των μελών Δ.Ε.Π. εκλεκτορικών σωμάτων.
4. Πρόσκληση επισκεπτών καθηγητών και προκήρυξη θέσεων εντεταλμένων καθηγητών και ειδικών επιστημόνων.
5. Κατάρτιση και αναθεώρηση του προγράμματος σπουδών και διατύπωση γνώμης για κατευθύνσεις ή ειδικεύσεις του πτυχίου που απονέμει το Τμήμα.
6. Σύνταξη εσωτερικού κανονισμού του Τμήματος, ο οποίος δεν μπορεί να βρίσκεται σε αντίθεση με τον κανονισμό λειτουργίας του Α.Ε.Ι.
7. Συγκέντρωση και διαβίβαση στη Σύγκλητο των ετησίων δραστηριοτήτων του Τμήματος.

Στις αρμοδιότητες του Προέδρου ανήκει η εύρυθμη λειτουργία του Τμήματος, η εκπροσώπηση του Τμήματος, ο καθορισμός της ημερήσιας διάταξης της Γ.Σ. κ.λ.π. Ο Πρόεδρος του Τμήματος αντικαθίσταται από τον αναπληρωτή του, όταν αυτός απουσιάζει ή κωλύεται ή ελλείπει.